Bien que les causes exactes de l’apparition des aphtes restent souvent inconnues on remarque que :
> les aphtes peuvent survenir à la suite de la prise de certains médicaments tels que les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS), les antibiotiques, l’acide benzoique (E210), les antivitamines K, le méprobamate, la chimiothérapie en général (médicaments pris lors d'un cancer, par exemple en cas de leucémie,...).
>l’abus de nutrimentsaphtogènes tels que le gruyère, les fruits secs, les noix et les noisettes, les cacahuètes, les amandes, le chocolat et les épices ainsi que certains agents conservateurs (E210, E200,...) tout comme le gluten (présent dans le blé) peuvent favoriser le développement d'aphtes. Il faut ainsi relever que les personnes allergiques au gluten (maladie coeliaque) souffrent souvent d'aphtes à répétition.
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