Les causesde l'hypothyroïdie peuvent être nombreuses :
> Une des causes les plus courantes de l'hypothyroïdie est la thyroïdite, la plus fréquente des thyroïdites est la thyroïdite chronique de Hashimoto, il s'agit d'une maladie auto-immune qui détruit la thyroïde, cette maladie a une certaine prédisposition génétique. Relevons que d'autres thyroïdites peuvent être responsables de l'hypothyroïdie.
> Des traitements avec du iode radioactif ou une opération chirurgicale au niveau de la thyroïde, en effet ces actes médicaux peuvent favoriser l'hypothyroïdie. Le iode radioactif ou une opération chirurgicale peuvent être le traitement recommandé en cas d'hyperthyroïdie.
> Dans de rares cas, la prise de certains médicaments comme le lithium (un médicament contre la maniaco-dépression) ou l'amiodarone (un médicament pour le coeur).
> Un apport insuffisant d'iode, en effet l'iode est essentiel à la constitution des hormones thyroïdiennes, toutefois de nos jours dans les pays industrialisés, il s'agit d'une cause marginale de l'hypothyroïdie, car le sel est artificiellement enrichi en iode, chaque personne a alors une dose quotidienne suffisante.
Des carences en iode existent néanmoins encore dans des pays en voie de développement. Chez l'enfant une carence en iode importante provoque le crétinisme (petite taille, cou épais, arriération mentale). Chez l'adulte, une carence en iode (aboutissant à un goître et à une hypothyroïdie) se nomme goître endémique ou myxoedémateux.
> Chez la femme, la ménopause pourrait provoquer une hypothyroïdie, en effet la diminution des hormones féminines à la ménopause semblerait favoriser le vieillisement de la glande thyroïde. C'est une raison possible pour expliquer qu'il y a plus d'hypothyroïdie chez la femme que chez l'homme.
> Dans des rares cas, une production insuffisante de la TSH par l'hypophyse.