Les causes exactes du syndrome prémenstruel semblent encore susciter quelques débats et controverses.
Une théorie expliquerait le syndrome prémenstruel par un déséquilibre hormonal, notamment lié à un manque d'oestrogène.
On remarque aussi une influence génétique, des femmes de la même famille ont souvent ou ont eu également le syndrome prémenstruel.
Les femmes qui ont eu une grossesse, celles qui ont fait une fausse-couche, après un avortement, au début et à l'arrêt de la prise de la pilule, en cas de dépression post-partum ont une probabilité plus élevée de souffrir du syndrome prémenstruel.