Microbiote (et microbiome)

Microbiote humain
Le microbiote humain représente l’ensemble des microbes, notamment les bactéries mais aussi champignons et autres micro-organismes, qui vivent avec, dans ou sur l’être humain. Au niveau intestinal, le microbiote porte aussi le nom de microflore, flore intestinale ou microbiote intestinale (lire davantage ci-dessous).

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On estime que le microbiote se compose de 39 trillions (39 mille milliards) de bactéries, soit plus que le total de cellules humaines. Le corps humain compterait 10 fois plus de bactéries (surtout localisées dans le système gastro-intestinal) que de cellules humaines. Mais une étude publiée en 2016 par le Weizmann Institute of Science en Israël évalue à environ 30 trillions le nombre de cellules humaines, de ce fait le nombre de cellules humaines et des micro-organismes du microbiote serait finalement assez proches, avec un ratio 1:1 plutôt que 1:10.  Jusqu’à 2 kg de notre poids corporel total provient des bactéries qui vivent sur ou dans notre organisme.

Microbiote intestinal
flore-intestinale-photo-2016Le microbiote intestinal vit avec les cellules humaines de l’intestin. Il faut savoir que l’intestin, en plus des cellules jouant un rôle direct dans la digestion, se compose d’environ 500 millions de neurones. C’est pourquoi l’intestin porte parfois le nom de “2ème cerveau”. Plus de 30 neurotransmetteurs sont présents dans ces neurones de l’intestin.
Le microbiote compte plus de 300 espèces différentes de bactéries. On estime qu’un individu a environ 200 espèces différentes de bactéries dans le tractus gastro-intestinal, cela signifie qu’en général un individu n’a pas toutes les espèces de bactéries présentes dans l’ensemble de l’espèce humaine.
Ces bactéries au niveau gastro-intestinal jouent un rôle important dans le processus de digestion.

Maladies et microbiote
De plus en plus d’études montrent qu’un déséquilibre au niveau du microbiote provoquerait l’augmentation ou l’apparition de diverses maladies comme la polyarthrite rhumatoïde, l’obésité, l’anxiété, l’acné ou encore le diabète.
Le microbiote intestinal a la capacité d’influencer le cerveau, comme l’a notamment montré une étude de 2013 réalisée par l’Université de Californie. A l’inverse le cerveau peut aussi influencer l’intestin, de nombreuses personnes peuvent par exemple souffrir de troubles digestifs en cas d’anxiété ou d’angoisse.

Microbiote intestinale unique
On estime que même les vrais jumeaux (patrimoine génétique identique) n’ont pas un microbiote intestinal identique, cela signifie notamment que la concentration de chaque espèce de bactérie peut varier d’un vrai jumeau à l’autre.

Exemples de bactéries du microbiote intestinal
– Lactobacillus
– Bifidobacterium
– Prevotella histicola (bactérie présente dans le haut de l’intestin)
– Helicobacter pylori (bactérie pouvant provoquer des ulcères d’estomac, mais son absence pourrait mener à de l’obésité)

cancer seinAutre microbiote
Le microbiote le plus connu est celui du système gastro-intestinal, mais les chercheurs découvrent actuellement d’autres microbiotes comme par exemple celui du tissu mammaire. En effet, une étude publiée en octobre 2017 a confirmé la présence de bactéries dans les seins et a surtout montré que les femmes souffrant de cancer du sein avaient dans leur tissu mammaire une concentration plus faible de la bactérie Methylbacterium que les femmes sans cancer. Le rôle ou l’effet joué par les bactéries situées dans le tissu mammaire et le cancer du sein n’est pas encore connu.
Cette étude réalisée notamment par la renommée institution américaine Cleveland Clinic a été publiée online le 5 octobre 2017 dans le journal scientifique Oncotarget (DOI : 10.18632/oncotarget.21490).

Âge des bactéries
Selon une étude publiée en juillet 2016 dans la revue scientifique Science, certaines bactéries de la microbiote intestinale remontent à au moins quinze millions d’années. Ces bactéries descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins des ancêtres communs  de l’homme, les singes.  Cette étude a notamment été réalisée par l’Université de Californie à Berkeley aux Etats-Unis.

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Microbiome
Le terme microbiome (idem en anglais pour microbiome) fait référence au génome de la microbiote. En français, d’autres définitions du terme microbiome sont parfois avancées, comme on peut le voir sur la page Wikipedia du terme microbiome.

Plusieurs facteurs peuvent influencer le microbiome comme les parents (le microbiote est acquis par l’enfant au moment de la naissance), l’alimentation et l’âge (en vieillissant on observe une diversification).

Microbiote, alimentation et acné
L’influence de l’alimentation sur l’acné semble provenir de l’impact de certains aliments sur le microbiote (flore intestinale). On suppose qu’une alimentation riche en sucres favorise l’acné en perturbant le microbiote. Les liens exacts entre le microbiote et la peau ne sont pas encore connus, selon le professeur en microbiologie Justin Sonnenburg à l’Université Stanford en Californie qui s’exprimait à ce sujet dans un article du New York Times d’août 2018. En plus de manger peu de sucre, il est conseillé de consommer des aliments complets et de limiter les graisses saturées. La prise de probiotiques peut aider à lutter contre l’acné mais les études sont encore peu concluantes. Toutefois, une étude de 2016 a pu montrer que la prise de bactéries de l’espèce Lactobacillus rhamnosus SP1 était associée à une diminution de l’acné chez les adultes.

News
Lire aussi : Microbiome et santé (vous découvrirez des news sur le microbiome)

Sources & Références :
Oncotarget (DOI : 10.18632/oncotarget.21490), The New York Times

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Informations sur la rédaction de cet article et la date de la dernière modification: 11.09.2018